Od roku szkolnego 2017/18 rekrutacja do Gimnazjum nie jest prowadzona. Klasy gimnazjalne II i III prowadzi Szkoła Podstawowa Specjalna Nr 9.
Do gimnazjum przyjmowana jest młodzież w normie intelektualnej, posiadająca orzeczenie do kształcenia specjalnego ze względu na zaburzenia ze spektrum autyzmu oraz młodzież, która ma orzeczoną niepełnosprawność sprzężoną w postaci autyzmu i niepełnosprawność intelektualną w stopniu umiarkowanym lub znacznym.
Pierwsza grupa uczniów realizuje podstawę kształcenia ogólnego w formie dostosowanej do ich możliwości. Uczniowie ci otrzymują też wsparcie terapeutyczne.
Druga grupa uczniów realizuje podstawę programową kształcenia ogólnego dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym lub znacznym. Uczniowie ci również otrzymują wsparcie terapeutyczne.
Zespoły klasowe liczą od 2 do 4 uczniów. Nauczyciel prowadzący zajęcia wspierany jest przez asystenta.
Uczniowie korzystają ze świetlicy, przebywając w grupach odpowiadającym klasom. Zajęcia prowadzone są przez wychowawcę świetlicy. W tym czasie odbywają się także zajęcia rewalidacyjne, które, w zależności od potrzeb prowadzone są przez: logopedę, psychologa lub pedagoga.
Poza zajęciami edukacyjnymi praca w szkole ukierunkowana jest na utrwalanie i rozwijanie samodzielności oraz uczenie wykonywania czynności potrzebnych do samodzielnego, w miarę swoich możliwości, funkcjonowania zarówno w domu rodzinnym, jak i placówce. Stąd starania całego zespołu edukacyjno – terapeutycznego zmierzają do wspierania ucznia w zaburzonych sferach (komunikowanie, rozwijanie kompetencji społecznych, poprawianie funkcjonowania w najbliższym środowisku) oraz uczenia umiejętności praktycznych potrzebnych w codziennym życiu.
Do dyspozycji uczniów jest także stołówka, sala gimnastyczna, siłownia, sala relaksacyjna, boisko szkolne, plac zabaw.
Dla uczniów spoza Krakowa istnieje możliwość korzystania z internatu.
W ramach zajęć dodatkowych szkoła oferuje zajęcia na basenie, ściance wspinaczkowej, zajęcia ceramiczne.
Wszyscy uczniowie objęci są opieką przez służbę zdrowia zorganizowaną na terenie szkoły przez „Effatha” Ośrodek dla Osób z Autyzmem. Uczniowie objęci są specjalistyczną opieką lekarską przez lekarza psychiatrii dziecięcej i młodzieżowej, a w miarę potrzeb lekarza innej specjalizacji. Młodzież otrzymuje także wsparcie terapeutyczne ze strony psychologa, pedagoga, fizjoterapeuty, logopedy, terapeuty zajęciowego oraz pielęgniarki.